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Das GEOMAR wird von einem Direktorium geleitet, dem der/die wissenschaftliche und der/die administrative Direktor/-in angehören. 

Externe Kontrollgremien sind das Kuratorium (administrativ) sowie der Wissenschaftliche Beirat (wissenschaftlich). 

Weitere interne Gremien sind das erweiterte Direktorium, der Wissenschaftliche Rat sowie der Personalrat.

Durch den Übergang des Leibniz-Instituts für Meereswissenschaften (IFM-GEOMAR) zum GEOMAR | Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel ist eine Neubestellung der Gremien erforderlich. Weitere Details werden danach zeitnah zur Verfügung gestellt.