Marine Ökologie

Funktion mikrobieller Schwamm-Symbionten

Arbeitshypothese zum Kohlenhydrat-Stoffwechsel in Poribakterien

 

Unser Hauptinteresse und Kernkompetenz liegt in der Analyse von Funktionen im Kontext der Schwamm-Symbionten-Interaktion. Wir verwenden zu diesem Ziel sog. „-Omics“- Techniken, wie beispielsweise die Metagenomik, die Einzelzell-Genomik und die Metatranskriptomik, um vertiefte Einblicke in Funktionen und Eigenschaften von Mikroorganismen im Kontext des Wirtsschwammes zu erlangen. Die Metagenomik ermöglicht dabei die Erforschung des nahezu gesamten funktionellen Gen-Repertoires eines mikrobiellen Konsortiums, während mittels Einzelzell-Genomik Funktionen bestimmten mikrobiellen Phylotypen zugeordnet werden können. Die Metatranskriptomik wird hingegen verwendet, um die zu einem gegebenen Zeitpunkt oder nach experimentellem Einfluss aktiven mikrobiellen Funktionen zu identifizieren und zu analysieren.

 

References

    1. Slaby BM, Hackl T, Horn H, Bayer K, Hentschel U (2017). Metagenomic binning of a marine sponge microbiome reveals unity in defense but metabolic specialization. ISME J.: doi: 10.1038/ismej.2017.101.
    2. Jahn MT, Markert SM, Ryu T, Ravasi T, Stigloher C, Hentschel U, Moitinho-Silva L (2016) Shedding light on cell compartmentation in the candidate phylum Poribacteria by high resolution visualisation and transcriptional profiling. Sci Rep: 6:35860. doi: 10.1038/srep35860
    3. Burgsdorf I, Slaby BM, Handley KM, Haber M, Blom J, Marshall CW, Gilbert JA, Hentschel U, Steindler L (2015) Lifestyle evolution in cyanobacterial symbionts of sponges. Mbio 6(3): e00391-15; doi: 10.1128/mBio.00391-15.
    4. Moitinho-Silva L, Seridi L, Ryu T, Voolstra CR, Ravasi T, Hentschel U (2014) Revealing microbial functional activities in the Red Sea sponge Stylissa carteri by metatranscriptomics. Environ Microbiol 16(12): 3683-3698
    5. Kamke J, Rinke C, Schwientek P, Mavromatis K, Ivanova N, Sczyrba A, Woyke T, Hentschel U (2014) The candidate phylum Poribacteria by single-cell genomics: New insights into phylogeny, cell-compartmentation, eukaryote-like repeat proteins, and other genomic features. PLoS ONE 9(1): e87353; doi: 10.1371/journal.pone.0087353.

      Zurück zur Forschungseinheit Marine Mikrobiologie