Dr. Erik Borchert

Forschungsbereich 3: Marine Ökologie
FE Marine Symbiosen 

Büro:
Raum: DW-310
Telefon: +49 431 600-4485
Fax: +49 431 600-4482
E-Mail: eborchert@geomar.de

Adresse:
Düsternbrooker Weg 20
D-24105 Kiel

Forschungsinteresse

Mein aktuelles Froschungsprojekt beschäftigt sich mit der Untersuchung des Knochenabbaus von marinen wirbellosen Lebewesen und den mit ihnen lebenden, möglicherweise symbiotischen Mikroorganismen, als auch freilebenden Ansammlungen von Mikroorganismen, die am Knochenabbau beteiligt sind (mikrobielle Matten). Das Ziel des Projektes ist es Enzyme (Biokatalysatoren) zu identifizieren, welche direkt hydrolytisch am Knochenabbau beteiligt sind. Diese Biokatalysatoren können Eigenschaften besitzen, die direkt auf industrielle Bedürfnisse abgestimmt sind und somit eine schnelle Entwicklung von Entdeckung bis Nutzung ermöglichen. Zusätzlich zu diesem Projekt interessiere ich mich für die Nutzbarmachung von marinen Resourcen für Pharamazeutika, Biokatalysatoren und andere Stoffe, die uns helfen unser Leben nachhaltiger in Bezug auf die Resourcen der Erde zu gestalten.

Keywords: Marine microbiology, Host-microbiome interactions, Metagenomics, Next generation sequencing, Enzyme discovery

Wissenschaftlicher Werdegang

  • Seit 2018 postdoctoral researcher (ERA-NET Marine Biotechnology ProBone)
  • 2017 PhD in Microbiology, University College Cork (Ireland)
  • 2014-2017 PhD student, University College Cork (Ireland)
  • 2013 MSc Biochemistry, Friedrich-Schiller University Jena (Germany)
  • 2011 BSc Biochemistry, Friedrich-Schiller University Jena (Germany)

Auszeichnungen, Stipendien

  • Poster prize at the EMBRIC workshop „Treasures from the Deep“. Brussels, Belgium (March 2019)
  • 2014-2017 Marie Skłodowska Curie initial training network (MC-ITN) fellowship, BluePharmTrain

Veröffentlichungen

  • Steinert G, Huete-Stauffer C, Aas-Valleriani N, Borchert E, Bhushan A, Campbell A, Chaib de Mares M, Costa M, Gutleben J, Knobloch S, Lee RG, Munroe S, Naik D, Peters EE, Stokes E, Wang W, Einarsdóttir E, Sipkema D (2018): BluePharmTrain: Biology and biotechnology of Marine Sponges. In: Rampelotto P, Trincone A (eds) Grand Challenges in Marine Biotechnology. Springer, Cham
  • Borchert E, Jackson SA, O'Gara F, Dobson AD (2016): Diversity of Natural Product Biosynthetic Genes in the Microbiome of the Deep Sea Sponges Inflatella pellicula, Poecillastra compressa, and Stelletta normani. Front. Microbiol., 7:1027.
  • Borchert E, Knobloch S, Dwyer E, O’Flynn S, Jackson SA, Jóhannsson R, Marteinsson VT, O’Gara F, Dobson ADW (2017): Biotechnological potential of cold adapted Pseudoalteromonas spp. isolated from ‘deep sea’ sponges. Mar. Drugs, 15, 184
  • Borchert E, Selvin J, Kiran GS, Jackson SA, O’Gara F, Dobson ADW (2017): Characterization of a novel cold active deep sea esterase from a metagenomic library from the sponge Stelletta normani. Front. Mar. Sci., 4:287
  • Borchert, E (2017): The biotechnological potential of deep sea sponges and their associated microbiome. PhD Thesis, University College Cork.
  • Borchert E, Jackson SA, O’Gara F, Dobson ADW (2017): Psychrophiles as a Source of Novel Antimicrobials. In: Margesin R. (eds) Psychrophiles: From Biodiversity to Biotechnology. Springer, Cham
  • Jackson SA, Borchert E, O'Gara F, Dobson ADW (2015): Metagenomics for the discovery of novel biosurfactants of environmental interest from marine ecosystems. Curr. Opin. Biotechnol., 33:176-182.

Beiträge zu Konferenzen

  • Poster at the EMBRIC workshop “Treasures from the Deep”. “ProBone – New tools for prospecting the marine bone-degrading microbiome for novel enzymes” Brussels, Belgium (March 2019)
  • Poster at the 17th International Symposium on Microbial Ecology (ISME). “Biotechnological potential of deep sea sponge microbiomes for novel cold adapted enzymes and secondary metabolite gene clusters” Leipzig, Germany (August 2018)
  • Oral presentation at the “Blue Symposium – Sponges, Corals and the World”. “Biotechnological potential and comparative genomics of Pseudoalteromonas spp. from deep sea sponges” Blanes, Spain (March 2017)
  • Oral presentation at the 11th International Marine Biotechnology Conference. “Diversity of natural product biosynthetic genes in deep sea sponges” Baltimore, MD, USA (September 2016)
  • Poster at the 11th International Marine Biotechnology Conference. “Comparative genomics of Pseudoalteromonas spp. isolates from three different deep sea sponges” Baltimore, MD, USA (September 2016)
  • Oral presentation at the Sea Change Researchers Workshop. “Exploiting the biotechnological potential of deep sea sponges” Galway, Ireland (June 2016)
  • Poster at the GEOMAR Biotech Mini Symposium. “The biological potential of the microbial community of deep sea sponges Poecillastra compressa and Stelletta normani” Kiel, Germany (December 2015)
  • Oral short presentation and Poster at the 2nd International Symposium on Sponge Microbiology. “The biological potential of the microbial community of deep sea sponges Poecillastra compressa and Stelletta normani” Baltimore, MD, USA (October 2014)
  • Poster at the Weimar Sepsis Update. “The multiple roles of the hyphae-regulating transcription factor Cph2 in Candida albicans” Weimar, Germany (August 2013)

Ausfahrten

  • Aug./Sep. 2019: POS536 on RV “Poseidon” (plastic pollution expedition to the North Atlantic Garbage patch)
  • Mai 2019: AL522 on RV “Alkor“ (fisheries and hydrography, Baltic Sea)