Marine Ökologie

Mikrobielle Vielfalt und Funktion in Schwamm-Symbiosen

Arbeitshypothese zum Kohlenhydrat-Stoffwechsel in Poribakterien

Unser Hauptinteresse und Kernkompetenz liegt in der Analyse von Funktionen im Kontext der Schwamm-Symbionten-Interaktion. Wir verwenden zu diesem Ziel sog. „-Omics“- Techniken, wie beispielsweise die Metagenomik, die Einzelzell-Genomik und die Metatranskriptomik, um vertiefte Einblicke in Funktionen und Eigenschaften von Mikroorganismen im Kontext des Wirtsschwammes zu erlangen. Die Metagenomik ermöglicht dabei die Erforschung des nahezu gesamten funktionellen Gen-Repertoires eines mikrobiellen Konsortiums, während mittels Einzelzell-Genomik Funktionen bestimmten mikrobiellen Phylotypen zugeordnet werden können. Die Metatranskriptomik wird hingegen verwendet, um die zu einem gegebenen Zeitpunkt oder nach experimentellem Einfluss aktiven mikrobiellen Funktionen zu identifizieren und zu analysieren.

Referenzen

    1. Jahn MT, Arkhipova K, Markert SM, Stigloher C, Lachnit T, Pita L, Kupczok A, Ribes M, Stengel ST, Rosenstiel P, Duthil B, Hentschel U (2019) A symbiont phage protein aids in eukaryote immune evasion. Cell Host Microbe: doi: dx.doi.org/10.1101/608950
    2. Bayer K, Jahn MT, Slaby BM, Moitinho-Silva L, Hentschel U (2018) Marine sponges as Chloroflexi Hot Spots: Genomic insights and high resolution visualization of an abundant and diverse symbiotic clade. American Society for Microbiology Journals Published online: 26.12.2018 https://doi.org/10.1128/mSystems.00150-18
    3. Slaby BM, Hackl T, Horn H, Bayer K, Hentschel U (2017) Metagenomic binning of a marine sponge microbiome reveals unity in defense but metabolic specialization. ISME J 11(11):2465–2478.
    4. Moitinho-Silva L, Steinert G, Nielsen S, Hardoim CCP, Wu YC, McCormack GP, López-Legentil S, Marchant R, Webster N, Thomas T, Hentschel U (2017) Predicting the HMA-LMA status in marine sponges by machine learning. Front Microbiol 8: 752. doi: 10.3389/fmicb.2017.00752.
    5. Jahn MT, Markert SM, Ryu T, Ravasi T, Stigloher C, Hentschel U, Moitinho-Silva L (2016) Shedding light on cell compartmentation in the candidate phylum Poribacteria by high resolution visualisation and transcriptional profiling. Sci Rep: 6:35860. doi: 10.1038/srep35860

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