Bei der Programmorientierten Förderung der Helmholtz- Gemeinschaft geht es um über mehrere Jahre laufende Forschungsprogramme. In diesem Rahmen wird von Bund und Ländern die Grundfinanzierung der Zentren zur Verfügung gestellt. In der Förderphase ab 2021 widmen sich alle Zentren des Helmholtz-Forschungsbereichs „Erde und Umwelt“, zu dem auch das GEOMAR gehört, dem gemeinsamen Programm „Changing Earth - Sustaining our Future“. Das GEOMAR ist im Rahmen dieses Programmes an vier verschiedenen Themen, sogenannten Topics beteiligt. Topic 6 wird vom GEOMAR koordiniert.