Bei der Programmorientierten Förderung der Helmholtz- Gemeinschaft geht es um über mehrere Jahre laufende Forschungsprogramme. In diesem Rahmen wird von Bund und Ländern die Grundfinanzierung der Zentren zur Verfügung gestellt. In der aktuellen Förderphase (2021-2027) widmen sich alle Zentren des Helmholtz-Forschungsbereichs „Erde und Umwelt“, zu dem auch das GEOMAR gehört, dem gemeinsamen Programm „Erde im Wandel – Unsere Zukunft nachhaltig gestalten“. Das GEOMAR ist im Rahmen dieses Programmes an vier verschiedenen Themen, sogenannten Topics beteiligt. Topic 6 wird vom GEOMAR koordiniert.