Aktuelle Themen

Projektausschreibungen der Helmholtz Plattformen HIP (Deadline 11.9.20), HMC (Deadline 14.10.20) und HAICU (Deadline 1.12.20).

Digital Science Monday

Jeden Montag Nachmittag werden digitale Themen des GEOMAR in internen Diskussionsrunden besprochen. Aktuelle Methoden, Projektvorschläge, technische Innovationen und Initiativen am GEOMAR, als auch in der Helmholtz-Gemeinschaft und darüber hinaus werden dabei dem Team GEOMAR vorgestellt. Der Digital Science Monday ist seit 2020 auch die MarData Seminar Series und bietet den MarData Promotionsstudenten und betreuenden Forschenden einen Plattform ihre Forschung zu präsentieren.

Weitere Informationen sind im internen Bereich für das Team GEOMAR verfügbar.

Digital Science Topics

Die folgenden Themen sind am GEOMAR in Knowledge Hubs gebündelt um Expertise aus verschiedenen Forschungs- und Entwicklungsbereichen des GEOMAR zusammenzubringen. Detailinformationen der Knowledge Hubs für das Team GEOMAR gibt es im Intranet.

Aktuell gibt es am GEOMAR Knowledge Hubs zu den folgenden Themen

DevOps (Software Entwicklung)

Die Entwicklung von wissenschaftlichen Computerprogrammen („Forschungssoftware“) steht schon immer unter besonderen Herausforderungen. Zum einen sollen sie Prozeduren und Algorithmen mithilfe numerischer Verfahren formal und mathematisch korrekt wiedergeben. Zum anderen sollen die Programme, wenn nicht sogar deren ganzes Entwicklungsumfeld, modernen Ansprüchen hinsichtlich Programmiersprache, Methoden und Entwicklungsabläufen entsprechen. Alles mit dem Ziel, zuverlässige und verständliche Software zu entwickeln, die zu nachvollziehbaren und reproduzierbaren Ergebnissen führt.  Hinzu kommt, dass ein Großteil der ProgrammiererInnen lediglich Spezial- und Nischenwissen aus der Informatik besitzt, je nachdem was für ihren Tätigkeitsbereich und ihre gegenwärtige Aufgabe erforderlich ist.

Daher ist es umso wichtiger, dass das Arbeitsumfeld entsprechende Hilfsmittel, Kontakte und Weiterbildungsmöglichkeiten anbietet.
Unter dem Knowledge Hub DevOps werden am GEOMAR hierzu die Programm-EntwicklerInnen und zentralen IT-Services zusammengeführt.  So wurde vor einiger Zeit schon begonnen, entsprechende Webservices einzurichten und zu etablieren (Repositorien mit Versionskontrolle, Projektplanung), Kompetenz-Netzwerke zu knüpfen und deren Entstehung zu unterstützen (Developers Group, Chat-Platform), Workflows und Best-Practices zu erarbeiten und anzubieten (Softwareprojektplanung, Lizenzwahl), Software-Veröffentlichungen zitierfähig zu machen (via DOI), Schulungen durchzuführen und eine entsprechende Richtlinie einzurichten. Dabei handelt das GEOMAR in Abstimmung mit anderen Helmholtz-Aktivitäten (Working Group „Open Science“, Task Group „Research Software“) und Helmholtz-Programmen (HIFIS, HIDA, Digital Earth, MarData) sowie institutionenübergreifenden Initiativen (z.B. deRSE).
Contact: Markus Scheinert

Unterwater imaging

The underwater imaging group at GEOMAR consists of technicians, engineers, data managers and scientists that aim at acquiring outstanding imagery underwater with novel and innovative imaging hardware, deploy said hardware in the oceans and develop and implement standards for efficient and effective FAIR and open publication of marine imagery.
Internal web page: link Contact: Timm Schoening, RD2 & FDM & TLZ

Marine Robotics

Das GEOMAR betreibt autonome und ferngesteuerte Roboter sowohl unter Wasser, als auch an der Meeresoberfläche und in der Luft. Großgeräte für den Unterwassereinsatz sind die AUVs ABYSS, Anton, Luise und AEGIR, das ROV PHOCA und das ROV Kiel 6000, der Meeresboden-Crawler VIATOR und das Modulare Ozeanobservatorium MoLab. Darüberhinaus kommen mittlerweise vier Waveglider zum Einsatz sowie eine große Flotte an Unterwasser-Gleiter und Floats. Über Wasser hat das GEOMAR mehrere Flugdrohnen im Einsatz.

Am GEOMAR werden neue autonome Fahrzeuge entwickelt, sowie Software entwickelt die zur Navigation und Kommunikation unter Wasser und zum Monitoring der Roboter essentiell ist.

Machine Learning

Die große Menge an Sensor- und Modelldaten die von GEOMAR und anderen Umwelt-Forschungsinstituten generiert wird, kann benutzt werden, um verschiedene Machine Learning Modelle zu trainieren. Diese dienen wiederum der weiteren Analyse solcher großen Datenmengen. So werden beispielsweise Deep Learning Modelle verwendet, um Objekte auf Bildern und bildähnlichen Daten (wie zum Beispiel mittels Fächerecholot erzeugte bathymetrische Karten) zu erkennen. Weiter helfen Machine Learning Algorithmen bei der Vorhersage von ozeanischen und atmosphärischen Ereignissen, sowie bei “Smart Monitoring” Einsätzen, wo sie Forscher bei der Suche nach optimalen Probeentnahme-Strategien unterstützen.

Modelling

Visualization

High-performance computing

Software

Eine Auswahl von Software die am GEOMAR entwickelt wird:

SVAmpEx (Spongy Variability Amplicon Explorer) - Tool

This software was developed to get an interactive handle on large and complex next generation sequencing datasets by facilitating data exploration and pattern recognition through customized novel visualisation designs. In particular it was created to facilitate a) interactive data mining of large and complex biodiversity datasets b) data analysis c) baseline establishment d) interdisciplinary system-orientated approaches and e) data recycling. Users can temporarily upload novel biodiversity data to interact with their own data, put them into larger context and access related curated resources. In its current initial configuration, the tool supports a holistic perspective on deep-sea sponge microbiomes in the oceanographic context.
Contact person: Kathrin Busch, RD3, Research Unit Marine Symbioses

Software Products developed by the Deep Sea Monitoring group:
https://www.geomar.de/en/research/fb2/fb2-mg/deepsea-monitoring/software/

Laufende Forschungsprojekte