Das GEOMAR wird von einem Direktorium geleitet, dem der/die wissenschaftliche und der/die administrative Direktor/-in angehören. 

Externe Kontrollgremien sind das Kuratorium (administrativ) sowie der Wissenschaftliche Beirat (wissenschaftlich). 

Weitere interne Gremien sind das Erweiterte Direktorium, der Wissenschaftliche Rat, das Women's Executive Board, die Gleichstellungsbeauftragten, Ombudspersonen, Schwerbehindertenvertretung sowie der Personalrat.